تعنى أمانة الشئون العلمية بمختلف النواحي العلمية والأنشطة الأكاديمية الخاصة بالمتدربين والمدربين بالمجلس. وتهتم بإعداد، تحديث،وتطبيق اللوائح الأكاديمية والبرامج كما تعتبر جهة إستشارية وتنسيقية لعمل المجالس التخصصية.
تتكفل الأمانة بزيادة المواعين التدريبية من خلال إعتماد مراكز تدريبية جديدة، كما تسعى دوما بتوفير البيئة التعليمية والعملية وجميع الإحتياجات لإكمال التدريب السريري والعمل الحقلي للمتدرب بجودة عالية وعلى أسس التعليم الطبي السليم تحت إشراف مدربين معتمدين.
يتضمن البرنامج التدريبي عدد من الإمتحانات إمتحان القبول، إمتحان الجزء الأول وامتحان الجزء الثاني( وتقوم الأمانة بتنسيق وعقد هذه الإمتحانات بصورة دورية وبجودة عالية. كما تهتم بتقويم المتدربين أثناء برنامجهم التدريبي والتأكد من اهلية المتدربين للحصول على شهادة الدكتوراه الإكلينيكية بنهاية الفترة التدريبية.
يقوم بتنظيم وتنقيح وطباعة إمتحانات المجالس التخصصية ( الإختيار ، الجزء الأول ، الجزء الثانى ، إمتحانات التقييم ) والإشراف على قيام هذه الإمتحانات وتوفير كل إحتياجات الإمتحانات.
يعنى بإستخراج الشهادات بعد المراجعة والتدقيق والتأكد من صحة المعلومات (شهادات عامة ، كرتونية ، تفاصيل ، جزء أول ، جزء ثانى ) كما يقوم بتأكيد صحة الشهادات المرسلة من مؤسسات عالمية مثل DATA FLOW